Первые шаги оптимизации

[EMPO]

1. Сделана, внутренняя перелинковка (подскажите на сколько адекватно)

Тут уж как вам удобно, какие страницы хотите раскручивать.

2. Прогнал по каталогам. Правда мало всего 1000 с небольшим.

Это может поднять ТИЦ и PR, но в выдаче может опустить далеко и на долго.

В Роботсе Disallow - запрет от индексации директорий. Существуют ли у Вас такие, как Вы пишете? может Вам нужно скрывать совершенно другие.

Оптимизировали ли title? и сами тексты?

[EMPO]

Заем дублировать правила если они одни и те же?

Потому что для Яндекса нужно прописывать отдельно правила