Могу ошибаться, но кажется если поддомены тематически схожи с основным сайтом, то для перелинковки лучше подпапки (+ они могут отображаться в в поиске) чтобы внутренняя ссылочная масса не "распорашивалась" по поддоменам. Если они тематически не схожи мфгазин/форум/блог - лучше разделить. Но если требуется создание сайта на нескольких языках, затрудняюсь ответить, но интуитивно склоняюсь к подпапкам.
|