Сравнительно давно такое явление, мое объяснение - не справляется Яндекс за один ап с таким объемом новых саттелитов, которые надо индексировать...
+ При ранжировании (я так думаю это происходит в пару этапов, и между этапами - такой же глюк...) с тем как он выдает количество съеденных страниц происходят метаморфозы, у меня, например, частая картина: "0 стр.-морда в индексе - пропал вообще - все или часть страниц". Бывает пропадает весь сайт после половины проиндексированных страниц, а потом возвращается сразу весь. А бывает и такое - пришел робот, и сразу все страницы в индексе. Но редко очень, к сожалению
Это уж как повезет...