Счётчики и контекстная реклама
 

Закрывать ли от индексации счётчики типа лайвинтернет и блоки контекстной рекламы от Гугла и Яндекса?
Если да, то использовать <noindex></noindex> ?

Закрывать или нет - решать Вам...если продаете ссылки, то закрывать однозначно, покупателям будет лучше (я всегда закрываю счетчик, уже просто в привычку вошло))

Там же всё через javascript делается. Поэтому закрывать ничего не нужно.

А какая разнича через что выводиться счётчик или блок рекламы?

Скрипты не обрабатываются Яндексом

Про яндекс не знаю, а Гугл точно скрипты обрабатывает, так что лучше закрывать.