Совет от знакомого хостера:

Похоже, что упирается в лимит одновременно открытых файлов. Об этом говорит лог мускула и апачи.
По умолчанию лимит 1024. Я поставил 8192 (обычно это максимальное значение доступное на вдс).
Смотреть лимит можно командой ulimit -n
Но после перезагрузки он опять становится 1024
Ставится лимит такой же командой только с числом, то есть ulimit -n 8192

количество одновременно открытых файлов смотрится так lsof|wc -l, но там еще сокеты показываются, поэтому видимо это число надо делить примерно на два и это будет количество одновременно открытых файлов на текущий момент
Я >> у меня их порядка 5000.

П.С. Вот как правильно настраивается лимит на количество открытых файлов на ВДС:
ithubinfo.blogspot.ru/2013/07/how-to-increase-ulimit-open-file-and.html

Я >> и вот я вебанализер вроде установил - а как его в панель прикрутить? или открывать.

В панели "Site Summary / Statistics / Logs" и там тыкаешь на домены. Я вижу у тебя работает.
Но он тоже может вешать вдс, так как когда обрабатывает статистику, то открывает все файлы логов апачи и опять же попадает на лимит открытых файлов.
Я >>
Смотрю месячную статистику, у форумов порядка 10000 хитов, у блогов - 500-800 хитов.

Вот еще полезные команды для просмотра статистики в путти, видно, с каких IP сейчас идут коннекты к серваку:
netstat -na | grep ':80 '
netstat -na

Осталось изучить
firstwiki.ru/index.php/Краткое_руководство_по_борьбе_с_DDOS-атаками_на_http-сервер (устанавливаю mod_status и лимиты)
salex.ru/book/book.php?httpd_prefork#startservers (настройка конфигов сервака)

Логи пишутся в /var/log/httpd
А в папке /var/log/httpd/domains - гранятся логи по всем доменам, занимают много места.

Немного про свободное место.
У меня очень большие папки:
home - 1.6 гиг
proc - 2 гиг
usr - 1.6 гиг
var - 11 гиг
var/cache - 3 гиг
var/lib - 8 гиг
var/log - 0.2 гиг

var/cache/yum/updates - можно стирать, думаю, выход:
yum clean all - чистим кэш.